Tahun pendirian program studi ekonomi pertanian dan agribisnis bersamaan dengan penerbitan Peraturan Pemerintah No. 37 Tahun 1950 tentang pembentukan Seksi Penyelidikan Ekonomi Pertanian. Prof. Iso Reksohadiprodjo (Ahli Ekonomi Pertanian pertama di Indonesia) merupakan pihak yang mencetuskan seksi tersebut. Pada tahun 1972, seiring dengan berlakunya sistim kredit, seksi tersebut diubah namanya menjadi Departemen Ekonomi Pertanian, dan pada tahun 1984 diubah lagi namanya menjadi Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian.
Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian mengembangkan ilmu-ilmu sosial ekonomi pertanian yang melihat pertanian dari tingkah laku manusianya dan kaitannya dengan keadaan masyarakat secara keseluruhan. Dalam rangka menyesuaikan diri dengan Program Pendidikan Sarjana Pertanian seperti tertuang dalam SK Mendikbud No. 0411/U/1994, Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian mempunyai dua program studi, yaitu Program Studi Ekonomi Pertanian dan Agribisnis serta Program Studi Penyuluhan dan Komunikasi Pertanian. Program Studi Ekonomi Pertanian dan Agribisnis mengembangkan ilmu-ilmu ekonomi pertanian, meliputi segi mikro yang terutama berhubungan dengan pengelolaan usahatani dan pemasaran pertanian, serta segi makro yang berkaitan dengan alih teknologi di bidang pertanian.
Penamaan program studi ekonomi pertanian dan agribisnis dimulai sejak tahun 2017. Sebelum tahun tersebut, program studi ini memiliki nama Sosial Ekonomi Pertanian/Agribisnis. Berdasarkan hasil asesmen ASEAN University Network (AUN-QA), penamaan tersebut dapat menyulitkan para pemangku kepentingan sehingga disarankan untuk diubah. Atas dasar hal tersebut, pengelola program studi mengajukan perubahan dan disetujui dengan diterbitkannya Surat Keputusan Rektor Nomor 1718/UN1.P/SK/HUKOR/2017 mengenai Penamaan Program Studi di Universitas Gadjah Mada.
